1. 정부나 지자체와의 연구용역의 부가가치세대상여부
부가가치세의 과세냐 면세냐의 구분은 먼저, 거래되는 재화와 용역에 따라 결정되며, 두 번째는 누가 공급하는 것이냐에 따라 결정되며, 세 번째는 누구에게 공급되는냐에 따라 그리고 마지막으로 대가가 무상이냐 실비변상의 수준이냐에 따라 결정됩니다.
일반적인 학술 및 기술연구용역은 과세대상 거래이나 아주 좁은 범위내에서의 “새로운 학술 또는 기술개발을 위하여 수행하는 새로운 이론,방법,공법 또는 공식 등에 관한 연구용역 중 인적용역”의 부분에 관해서만 면세로 인정합니다.(부가세법제26조제1항제15호, 부가가치세법시행령제42조제2호나항, 부가가치세법시행규칙제32조) 이는 면세의 범위가 매우 좁은 것으로 학술연구분야에서는 자연과학과 사회과학의 기초 및 조합조사연구 등을 수행하는 연구용에 한정하며, 기술연구용역에서는 산업기술분야에서 기초 및 조합조사연구 등을 수행하여 기술개발을 하는 용역 중 인적용역의 부분에만 한정합니다. 그러나 예를 들면 구매력증진을 위한 형태변경연구용역, 수출잡화시험검사, 연구결과응용용역, 자료제공용역, 일반적 사전조사용역 등은 과세되는 연구용역에 포함되는 것으로 시행규칙제32조의 “새로운 이론, 공법, 방법, 또는 공식 등에 관한 연구용역”과 현실적으로 어떠한 차이가 있는지는 어려운 문제로 보입니다.
두 번째의 검토사항으로 공급하는 주체가 누구인가에 따라 달라질 수 있습니다. 위의 부가가치세법제26조제1항제15호에 따른 인적용역으로서의 기술 및 연구개발용역은 공급하는 주체에 상관없이 면세여부를 판단합니다. 그러나 부가가치세법제26조제1항제18호에 따른 면세는 공급주체에 따른 면세를 규정하고 있습니다. 부가가치세법제26조제1항제18호에서는 “종교, 자선, 학술, 구호(救護), 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것”으로 정하고 있으며 부가가치세법시행제45조에서 구체적인 사항을 정하고 있습니다. 해당 시행령 제1호의 면세의 조건을 살펴보면 다음과 같습니다.
– 중교, 자선, 학술, 구호 및 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체이며,
– 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록되어야 하며
– “상속세및증여세법시행령제12조 각호의 어느 하나에 규정하는 사업을 수행해야 하며,
– 해당 단체의 고유목적을 위한 일시적인 공급, 실비 또는 무상대가의 공급이어야 한다.
또 해당 시행령제2호의 면세요건은 “ 학술 및 기술발전을 위하여 학술 및 기술의 연구와 발표를 주된 목적으로 하는 단체가 그 연구와 관련하여 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 또는 용역이어야 합니다.
세 번째는 누구에게 공급하느냐와 대가유무가 있느냐에 따라 다릅니다. 국가나 지방자치단체, 지방자치단체조합 등의 국가조직 또는 공익단체에 무상으로 공급하는 공급하는 재화와 용역은 면세로 하고 있습니다. (부가가치세법제26조제1항제20호, 부가가치세법시행령제47조) 반대로 생각하면 위의 국가조직이나 공익법인외의 자에게 무상으로 공급하는 재화는 과세대상거래입니다. 그러나 일반적으로 무상으로 공급하는 용역은 특수관계자에게 무상으로 제공하는 임대용역만을 제외하고는 전부 부가가치세과세대상거래가 아닙니다. (따라서 위 조항 중 무상으로 공급하는 용역은 원래부터 부가가치세대상이 아닙니다)

2. 정부나 지자체와의 위탁용역의 부가가치세과세대상여부
정부나 지방자치단체와 위탁용역을 체결하고 그 대가를 받는 경우에 발생할 수 있는 경우로서, 국가나 지방자치단체로부터 받는 국고보조금과 정부보조금에 대한 부가가치세에 대하여 알아보겠습니다. 많은 (사회적)협동조합이나 사단법인들이 정부나 지방자치단체와 계약을 통해 용역을 수행하고 있습니다. 이러한 용역수행과 그 대가의 관계에 따라 해당 대가(국고보조금과 공공보조금)가 부가가치세대상일 수 있고, 또는 부가가치세과세대상이 아예 아닐 수도 있습니다. (면세대상이 아니고 아예 부가가치세를 논하는 대상이 아니라는 뜻입니다, 면세대상거래인 경우에는 계산서를 발급해야 하고 부가가치세신고시에 이를 면세대상거래로서 신고해야 하나, 부가가치세 대상거래가 아니라는 것은 부가가치세신고대상이 전혀 아니라는 의미입니다)
부가가치세법 제29조 제5항 제4호에서는 다음과 같이 규정합니다.
“재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금은 부가가치세공급가액에 포함하지 아니합니다.” 이 조항은 민간조직이 국가나 지방자치단체와의 계약을 통하여 국고보조금등(이하 공공보조금을 포함함)을 수령시 해당 금액이 부가가치세과세대상으로서 과세표준에 포함되느냐를 결정할 경우에 중요한 판단기준을 제시하고 있습니다.

이 조항은 둔 것은 국가가 산업정책적, 경제정책적, 사회복지정책적 등 다양한 목적하에서 지출되는 국고가 다시 부가가치세로서 국고로 환수되는 불필요성을 감소시키기 위한 것입니다. 이러한 목적하의 (재정)지출은 국가가 직접수행할 수도 있고 위탁용역을 통하여 민간조직이 수행할 수도 있습니다. 이런 경우는 민간조직이 국가조직이 수행해야 할 사업을 대신 수행하면서 발생한 경비와 손실의 보전을 위한 또는 기반조성의 사업을 위한 원조로서의 성격을 가지고 있습니다. 따라서 이런 경우에 국가조직이 지급하는 국고보조금등은 부가가치세대상거래가 아닌 것으로서 부가가치세과세표준에 포함되지 않는 것입니다.

구체적으로 이 조항의 내용을 살펴보면 먼저 국고보조금과 공공보조금이어야 한다는 것입니다. 국고보조금은 “보조금의 예산 및 관리에 관한 법률”에 따라 지급받는 보조금을 의미하며, 공공보조금은 공공단체가 산업의 육성이나 사회공공사업의 조성 등 행정상의 목적을 위하여 교부하는 금액을 말하고 있습니다.

두 번째로 지급하는 국고보조금등이 재화와 용역의 공급과 직접적인 관련이 없어야 한다는 것입니다. 즉 정부나 지방자치단체등이 지급하는 금액이라도 사업자가 제공하는 재화와 용역의 공급대가라고 한다면 이는 부가가치세 과세대상거래입니다. 예로서 국가조직과 “협동조합실태조사용역”의 계약을 체결하고 이를 수행하는 대가를 받는 것이라면 그 대가는 용역의 대가로서 명확하기 때문에 부가가치세 과세대상거래인 것입니다. 이러한 연구용역은 그 대가와 용역의 거래관계가 명확합니다. 그러나 대가와 용역과의 직접적인 관련성이 없는 거래가 있습니다. 서울시가 협동조합의 저변확대와 경영을 지원하기 위하여 서울시협동조합상담센터와 용역계약을 체결하고 자금을 지원하는 것은 그 대가와 상담용역과의 직접적인 관련성이 없는 것입니다. 상담용역을 제공받는 것은 협동조합을 설립하거나 운영하는 협동조합의 관계자들이지 서울시가 아니기 때문입니다. 이처럼 국고보조금과 재화와 용역의 직접적인 거래관계가 없다면 이는 부가가치세과세대상거래가 아닌 것입니다.

그러나 재화와 용역을 공급받은 자가 국고보조금을 재원으로 하여 그 대가를 지급하는 경우에는 해당 국고보조금은 과세표준에 포함됩니다. 또한 보조금수혜자를 통하지 않고 직접 사업자에게 재화 또는 용역의 공급에 대한 대가로 지급되는 등, 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련하여 지급되는 경우에는 그 재원이 비록 보조금이라 하더라도 사업자의 재화 또는 용역의 공급에 따른 공급가액에 포함되는 것으로 해석됩니다. (대법원 2010두, 12699.2010.10.14) 또한 재화와 용역의 공급자가 해당 대가를 수혜자와 정부로 나누어 받는다 하더라도 해당 국고보조금은 재화와 용역과 직접적인 관련이 있으므로 이는 과세대상거래입니다.

마지막으로 부가가치세과세표준에 포함되지 않는 국고보조금과 공공보조금으로 관련사업을 진행하고 위하여 재화와 용역을 구매하고 지급한 부가가치세매입세액의 환급은 불가능합니다. 부가가치세매입세액의 환급은 해당 사업자의 사업을 위한 것일 경우에만 가능하고 해당사업은 과세사업을 의미하기 때문입니다.