1. 사회적협동조합과 공익법인 

사회적협동조합은 공익법인등(구 :지정기부금단체)을 지정받음으로써 공익법인이 될 수도 있고, 지정을 받지 않아도 공익법인이 될 수 있습니다. 이러한 차이는 사회적협동조합의 주사업의 내용에 따라 달라집니다.

(1) 사회적협동조합이 공익법인등(구 :지정기부금단체)이 될려면 법인세법에 따라 지정신청을 한 후 허가를 받아야 합니다. 승인신청이 가능한 사회적협동조합은 협동조합기본법제93조제1항제1호부터 제3호까지의 사업이 주된 사업이어야 합니다. 즉 지역문제해결형, 사회서비스제공형, 취약계층고용형만 가능합니다. (법인세법시행령제39조제1항 제1호 바목)

(2) 사회적협동조합 중 협동조합기본법제93조제1항2호와 3호를 주사업으로 영위하는 사회적협동조합은 동사업을 위하여 지출하는 기부금을 받을 경우에는 공익법인등의 지정신청이 없어도 가능합니다. (법인세법시행령제39조제1항2호 다목)

이러한 공익법인 등은 법인세법상의 공익법인등이지만 상증세및증여세법시행령제12조 제9호와 제10호에 의한 공익법인등에도 해당되어 법인세법상 주어지는 공익법인수행의무와 상속세및증여세법에 의하역 규정되어지는 수행의무를 이행할 의무가 있습니다.

2. 공익법인등의 세무의무

(1) 법인세법상 공익법인등의 세무의무의 주된 내용은 주로 다음과 같습니다.(법인세법시행령제39조제5항, 제6항)
1) 기부금 모금액 및 활용실적명세서제출(매년 사업연도 종료일부터 4월이내)
2) 각 사업연도의 수익사업의 지출을 제외한 지출액의 100분의 80이상을 직접 고유목적사업제 지출할 것
3) 사업연도 종료일을 기준으로 최근 2년동안 고유목적사업의 지출내역이 있을 것
4) 공익법인등의 의무이행여부 매년 신고
5) 공익법인 전용계좌 신고 및 사용
6) 결산서류에 대한 공시
– 재무상태표
– 운영성과표(손익계산서)
– 기부금 모집 및 지출내용
– 해당 공익법인 등의 대표자, 이사, 출연자, 소재지 및 목적 사업에 관한 사항
7) 공익법인회계기준을 적용한 재무제표에 대한 외부회계감사 의무화 (법인세법시행령제36조 제5항 8호 , 상속세 및 증여세법제50조의4)
– 총자산가액 100억원 미만이 공익법인은 제외
– 그러나 세법에 따라 수입금액이 50억원 이상이거나, 기부금이 20억원이상인 공익법인도 외부회계감사의무대상 법인에 포함됨,

(2) 상증세법상 공익법인 세무의무는 다음과 같습니다. (상속세및증여세법제41조내지 제44조)
1) 출연재산보고서 제출의무 : 공익법인 등이 상속세 및 증여세과세가액에 산입하지 아니한 재산을 출연한 경우에는 결산에 관한 서류(공익법인의 설립 및 운영에 관한 법률, 그 밖의 법령에 따라 공익법인 등이 주무관청에 제출하는 대차대조표 및 손익계산서에 한한다) 및 출연받은 재산의 사용에 관한 계획 및 진도에 관한 보고서를 사업연도 종료일부터 4개월이내에 납세지관한세무서장에게 제출하여야 한다
2) 장부의 작성 및 비치의무 : 공익법인은 사업연도별로 출연받은 재산 및 공읷업 운용내용 등에 대한 장부를 작성하여야 하며, 관계있는 중요한 증명서류를 과세연도종료일부터 10년간 보존하여야 한다.
3) 외부전문가의 세무확인서 제출의무 : 일정규모이사의 공익법인은 과세기간별 또는 사업연도별로 출연받은 재산의 공익목적사업 사용 등에 대하여 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 2명이상의 변호사, 공인회계사, 세무사를 선임하여 세무확인을 받아야 한다.
4) 외부회계감사 수행의무(위의 법인세법 내용 참조)
5) 전용계좌개설 및 신고의무 : 공익법인은 직접 공익목적사업과 관련하여 받거나 지급하는 수입과 지출이 있는 경우에는 전용계좌를 개설, 사용하여야 하며, 이를 신고하여야 한다.
6) 결산서류공시의무 : 해당연도의 자산총액이 5억원이상이거나, 수입금액과 출연받은 재산의 합계액이 3억원(국고조보금제외)이상인 공익법인은 결산서류 등을 사업연도 종료일로부터 4개월이내에 홈택스에 게재하는 방법으로 공시(표준공시)하여야 한다. 수입금액과 출연재산의 합계액이 3억원미만인 공익법인등은 경영공시하되 간단공시를 하여야 합니다.
7) 기부금영수증발급내역 작성,보관 및 제출의무

이렇듯 공익법인등에 대한 세무의무는 법인세법과 상증세법에서 규정하고 있습니다. 공익법인등에 해당하는 사회적협동조합은 법인세법과 상증세법상 세무의무를 모두 준수하여야 합니다.
다만, 이러한 세무의무가 출연금으로 설립된 일반적인 사단법인, 재단법인, 사회복지법인 등 전통적인 비영리법인에 대한 규정이므로 환급해야 하는 출자금으로 법인세법상 과세사업을 주로 영위하는 사회적협동조합은 내용상 신고에 어려움이 많이 있는 것이 사실입니다. 그럼에도 불구하고 공익법인등이 된 사회적협동조합은 법인세법상, 상속세 및 증여세법상 공익법인등의 세무의무를 성실히 이행해야 불이익이 없습니다.