협동조합기본법상 협동조합은 2가지 종류가 있습니다. 일반협동조합과 사회적협동조합. 사회적협동조합은 협동조합기본법에서 사회적협동조합으로 규정하고 있고 일반협동조합은 그냥 협동조합으로 규정하고 있으나, 사회적협동조합과 구별하기 위하여 일반협동조합으로 불러 사용하고 있습니다. 협동조합의 비영리성을 별도로 하고 여기서는 법인세법상 구분에 의하여 일반협동조합은 영리법인으로 사회적협동조합은 비영리법인으로 나눕니다. 따라서 법인세법상 영리법인인 일반협동조합은 주식회사 등 일반적인 투자자소유영리법인과 법인세법상 지위가 동일하게 때문에 법인세 신고 시 어려움이 없으나 사회적협동조합은 사업을 목적으로 설립된 비영리법인이라는 특징 때문에 법인세의 신고가 일반협동조합보다 어렵습니다. 또한 사회적협동조합은 수익사업과 비수익사업의 구분이 명확한 사단법인, 재단법인, 사회복지법인 등보다도 법인세신고가 어렵습니다.

1. 법인세과세대상 수익사업
영리법인과 비영리법인은 법인세법상 과세체계가 다릅니다. 영리법인은 원인을 따지지 않고 법인의 순자산(자산에서 부채를 차감한 자본)을 증가시키는 것은 모두 법인세가 과세되며, 이를 순자산증가설이라고 합니다. 이에 반하여 비영리법인은 영위하는 모든 사업이 아니라 법인세법에 열거된 일정한 사업에 대하여만 법인세를 과세하는 열거주의에 따릅니다.

법인세법상 열거된 수익사업의 내용을 살펴보면 다음과 같습니다.
1) 제조업, 도소매업 등 한국표준산업표준분류표에 의한 사업
2) 이자소득과 배당소득
3) 주식,신주인수권, 출자지분 양도수입, 고정자산처분수입
4) 채권 등 매도의 매매익

위의 수익사업의 범위에 포함된 1) 제조업, 도소매업 등 한국표준산업분류표에 의한 사업은 사회적협동조합이 수행하는 거의 모든 사업을 포함하고 있습니다 그러나 법인세법에서는 여기에 포함된 사업중에서 또한 비과세로 열거한 것은 법인세를 과세하고 있지 않습니다. 따라서 개별 사회적협동조합은 협동조합의 사업이 제조업등의 사업 중에서 법인세과 과세되지 않는 사업에 포함되어 있는 지를 먼저 확인하여야 합니다.
이러한 수익사업의 범위에 조합원회비, 기부금, 정부보조금 등은 포함되어 있지 않습니다. 즉 이러한 수익에 대해서는 법인세를 과세하지 않습니다.

2. 법인세과세대상 수익사업에 대응하는 비용
법인세는 법인이 일정기간(일반적으로 회계기간)동안 벌어들인 과세대상 소득에 대하여 과세하는 세금입니다. 소득이란 회계상 이익과 유사한 개념으로 이익은 수익에서 비용을 차감하여 계산합니다. 소득이 이익과 유사한 개념이듯이 익금은 수익과, 손금은 비용과 유사한 개념입니다. 따라서 소득은 익금에서 손금을 차감하여 결정합니다. 수익은 위에서 말한 바와같이 열거된 내용에 따라 과세와 비과세로 구분되며, 조합원회비, 기부금, 대가가 없는 정부지원금 등은 제외됩니다. 그렇다면 비용은 어떠한 비용이 익금에서 차감되는 손금으로 인정될까요? 근본적으로 수익사업과 관련된 비용만을 손금으로 인정합니다. 그런데 수익사업관련 비용만을 손금으로 인정하되 여기서 비용으로 지출한 자금의 수익원천도 고려해야 합니다. 사회적협동조합은 다양한 사업을 진행함에 따라 다양한 비용이 발생합니다. 예를 들어 학교사회적협동조합이 법인세가 과세되지 않는 기부금과 조합원 회비로 법인세가 과세되는 사업의 인건비를 지급할 경우와 학생들을 위한 교육지원사업을 수행할 경우입니다. 물론 교육지원사업은 수익사업관련 비용이 아닙니다. 따라서 이와 관련된 비용은 수익사업의 손금이 아닙니다. 문제는 기부금과 조합원회비로 사용한 수익사업의 인건비를 손금으로 보아서 익금에서 차감할 수 있는냐의 문제입니다. 이럴 경우에도 기부금을 사용하였을 경우와 조합원회비를 사용하였을 경우가 각각 다르다는 것입니다. 기부금과 조합원회비는 수익으로 익금에는 포함되지 않았는데, 이를 비용으로 사용할 경우 손금으로 인정하게 되면 익금은 과소계상되고, 손금은 과대계상되어 소득이 감소하게 되는 결과를 초래하게 되므로 이에 대한 조정을 해주어야 합니다.
이처럼 사회적협동조합에서 법인세 신고시 수익과 비용(익금과 손금)의 수익사업과 비수익사업의 구분, 그에 따른 회계와 세무처리는 일반협동조합에 비하여 복잡합니다.

3. 고유목적사업준비금
사단법인, 재단법인, 사회복지법인 등의 비영리법인의 고유목적사업은 공익과 사회복지를 위하여 돈을 쓰는 사업입니다. 공익목적사업을 위한 재원을 조달하기 위하여 국가보조금, 기부금을 받고, 또한 수익사업을 진행하게 됩니다. 비영리법인이 기부금을 받게 되면 증여세나 상속세 등을 내야 하지만 공익목적사업의 활성화를 위하여 일정한 조건속에서 해당 세금들을 면제시켜 줍니다. 법인세법과 이와 비슷합니다. 비영리법인이 수익사업을 하는 목적은 공익목적사업을 위한 재원조달입니다. 이러한 목적을 위하여 벌어들인 자금을 법인세로 회수하게 되면 비영리법인의 사업을 위축시킬 수 있으므로 이의 활성화를 위하여 일정한 조건속에서 앞으로 공익목적사업에 쓸 비용을 미리 소득을 벌어들인 시점에서 손금으로 계상하여 법인세를 감소시켜 줍니다. 이것이 고유목적사업준비금입니다. 공익법인의 증여세 비과세도 그렇지만 법인세법상 고유목적사업준비금도 세금을 일정한 조건속에서 면제시켜 주었으므로 사후관리를 강화합니다. 고유목적사업준비금도 일정한 기한(손금산입종료일부터 5년이 되는날)까지 공익목적에 사용하여 하며, 그 사용내역을 매년 법인세신고시 보고하여야 합니다.

4. 주의사항
사회적협동조합이 법인세신고와 관련하여 주의해야 할 내용을 살펴보면 다음과 같습니다.

1) 영위하는 사업이 법인세과세대상사업인가? 혹시 비과세로 열거되어 있는 것인 아닌지를 검토하여야 합니다.
2) 수익사업을 영위하고 기부금, 보조금, 조합원회비가 발생한다면 수익사업을 위한 비용의 지출재원을 정확하게 구분하여야 합니다. 법인세가 과세되지 않는 수익을 재원한 자금으로 비용을 지출한다면 이를 관리하여야 합니다.
3) 이익을 발생할 경우 고유목적사업준비금의 설정을 고민해야 합니다. 고유목적사업준비금을 5년이내에 공익목적사업에 사용하여야 하므로 사회적협동조합내에 공익목적사업의 내용이 있어야 하며 실질적으로 수행해야 합니다.
4) 수익사업과 비수익사업의 규모에 따라 구분기장할 것인지를 또한 고민하여야 합니다. 구분기장하느냐에 따라 세무관련비용이 증감할 수도 있습니다.